Il processo di formazione e di sviluppo del feto viene chiamato morfogenesi. È una fase molto delicata, perché la posizione di ogni singola cellula é determinante per il corretto sviluppo dei tessuti e di tutto quello che gli sta intorno. Se la morfogenesi é disturbata da un qualche fattore esterno, il momento in cui ció avviene é determinante per il tipo di difetto che si potrá avere. Se qualcosa avviene in una fase precoce, allora si parla di "malformazione", a differenza della "deformazione", che di solito avviene in una fase successiva e deriva da fattori meccanici.
Nel feto le gemme degli arti si sviluppano nell'arco dei primi 28 - 32 giorno di gravidanza e in 33-36 giorni il piede piatto è visibile. Se qualcosa colpisce la crescita del feto durante questa critica fase di formazione degli arti (che dura dalle 4 alle 6 settimane), questo puó causare PFFD.
Quella cosa che causa la malformazione di un embrione o di un feto viene detta "teratogeno". Il teratogeno per il PFFD è sconosciuta. PFFD non è una malattia genetica.
Alcuni suppongono che possa essere causato da anoxia (mancanza di ossigeno), ischemia (temporanea carenza di approvvigionamento di sangue), da prodotti chimici, ipotermia, radiazioni, tossine batteriche, infezioni virali, da enzimi e cambiamenti ormonali.
In realtá l'unica causa accertata é il farmaco Talidomide, che è stato commercializzato come un sedativo, sonnifero, e per i disturbi da gravidanza (purtroppo), prima di essere tolto dal mercato nei primi anni 1960.
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